校名由來

關廟區一共有 17 個村落^[1]，五甲國小的學區約涵蓋了 5 個村落，分別為松腳里、東勢里、五甲里、南花里、及北花里^[2]。

日據時代，關廟分成三大部落。分別是「新埔圖、關廟圖、五甲圖」，五甲圖即指目前的東勢、松腳、南花、北花和五甲里，古稱「五甲勢」。本校學區涵蓋五甲勢，因此得名為五甲國民小學。

1. 昭和 19 年(1944 年)4 月創設，當時稱為關廟東分教場。
2. 民國 35 年改為關廟鄉第二國民學校，派令方道為首任校長。
3.  

1.107 年調整鄰里成為 15 里，詳見臺南市里鄰編組及調整專區。

2.南花里、北花里合併為花園里。